본점·지점 간 내부거래 회계처리 실수 유형과 세무 리스크

본점·지점 간 내부거래 회계처리 실수 유형과 세무 리스크

본점과 지점 회계의 구조적 특성과 실수 유발 원인

기업이 복수의 사업장을 보유하게 되면, 단순한 지리적 분할 이상의 복잡한 회계 관리가 필요해진다. 특히 지점 또는 분점이 있는 구조에서는 ‘같은 회사’ 안에서 발생하는 거래가 외부거래와 유사하게 인식되기 때문에, 실수의 여지가 매우 크다. 본점은 재고를 이동시키고, 지점은 이를 수취하여 판매하는 과정에서 내부거래가 발생하게 되는데, 이 거래가 제대로 회계처리되지 않으면 기업 전체의 재무제표가 심각하게 왜곡된다.

회계상 내부거래는 법적으로는 하나의 법인 내에서 발생한 거래이므로, 손익을 반영해서는 안 되는 항목이다. 그러나 실무에서는 각 지점이 별도의 회계단위로 운영되며, 현장에서 본점과 지점 간의 거래를 외부 거래처럼 처리하는 경우가 흔하다. 이로 인해 불필요한 매출과 매입, 자산과 부채가 장부상 발생하게 되며, 기업 전체 손익구조가 허위로 나타나는 결과를 초래한다.

이 문제는 단순 회계 착오에서 비롯되는 경우도 있지만, 시스템 설정의 오류, 담당자 간 커뮤니케이션 미흡, 정책 부재 등 다양한 원인이 복합적으로 작용한다. 특히 본점과 지점의 회계 기준이 달라지거나, ERP 상에서 내부거래 코드 설정이 제대로 되지 않은 경우에는 자동화된 시스템조차 실수를 유발하게 된다. 문제는 이런 오류가 외부감사나 세무조사에서 반드시 적발되며, 누적된 오류가 추징과 가산세로 이어질 수 있다는 점이다.

실무에서 자주 발생하는 본점·지점 회계처리 오류 사례

기업 실무에서 가장 흔한 오류는 본점에서 지점으로 상품 또는 자산을 이동시킨 거래에 대해 ‘매출’로 인식하고, 지점은 이를 ‘매입’ 또는 ‘비용’으로 반영하는 경우이다. 이 거래는 내부적 이동에 해당되므로 매출이나 매입이 아닌 단순 자산 이전으로 처리되어야 하지만, 많은 실무자가 이 원칙을 간과하고 부가가치세 포함 거래처럼 처리해버린다.

두 번째 사례는 본점과 지점 간의 거래 금액 불일치이다. 본점은 단가 기준으로 상품을 이동시켰는데, 지점에서는 입고 당시 할인 적용 후 금액을 인식하거나 운반비 등을 별도 비용으로 계상하는 경우가 있다. 이로 인해 양측 장부상의 수량, 단가, 총액이 불일치하게 되고, 이후 내부거래 상계가 되지 않아 재무제표 오류로 이어진다.

세 번째 오류는 상품이나 서비스의 공급시점에 대한 불일치다. 본점은 3월 말에 출고한 것으로 인식했으나, 지점은 4월 초에 입고 처리함으로써 거래월이 다르게 반영되기도 한다. 이 경우 분기별 실적 차이가 발생하며, 매출과 매입 타이밍의 불일치로 인해 내부거래 조정이 누락되는 결과를 초래한다.

또한 본점이 지점에 이전한 물품에 대해 세금계산서를 발행하지 않거나, 지점에서 이를 외부 거래로 인식하는 경우도 있다. 이 경우 부가세 신고상 문제로 이어지며, 특히 세무조사 시 과세자료 불일치 항목으로 지적되기 쉽다. 종종 지점의 매입세액 공제가 부적절하게 인정되어 추징이 이뤄지는 사례도 보고되고 있다.

내부거래 오류가 초래하는 세무 리스크와 과세 쟁점

본점과 지점 간의 회계 오류가 단순한 장부상 착오로 그칠 경우도 있지만, 현실적으로는 세무상 중대한 불이익으로 연결되는 경우가 대부분이다. 그중 가장 민감한 쟁점은 ‘부가가치세 부정공제’이다. 내부거래는 부가세 납부 대상이 아님에도 불구하고, 잘못 처리된 내부 매출과 매입으로 인해 지점이 부당한 매입세액 공제를 받게 되는 경우가 발생한다.

이러한 경우 국세청은 해당 거래를 무자료 또는 이중 공제로 판단하고, 과세 누락 또는 탈루 혐의로 분류한다. 특히 지점이 일정 규모 이상인 경우에는 간이과세자 요건에서 배제되거나, 정기 세무조사 대상자로 선정될 수 있다.

또한 법인세 차원에서도 손익 왜곡 문제가 발생한다. 예를 들어 본점이 지점에 제품을 공급하고 매출로 인식한 후, 지점에서 해당 제품을 실제 판매하지 않았음에도 비용 처리하면, 전체 법인의 손익 구조는 과소 신고 상태가 된다. 이로 인해 법인세 과표 누락이 발생하고, 결과적으로 법인세 추징 및 가산세 부과로 이어질 수 있다.

더 나아가, 본점과 지점 간 인력 지원이나 서비스 제공에 대해 비용을 분배하는 방식이 불명확할 경우, 고정비나 인건비가 과소 또는 과대계상되는 문제도 발생한다. 이로 인해 급여 관련 원천세 신고 오류, 4대 보험 분담률 차이 등 부가적인 리스크가 다수 발생하며, 관련 세목에서도 정정 요구가 따르게 된다.

세무 리스크 중 가장 위험한 상황은 이와 같은 오류가 반복적으로 발생하고, 이에 대한 사후 대응 없이 장기간 누적되는 경우이다. 이때는 국세청이 ‘의도적 회계 왜곡’ 또는 ‘거짓 신고’로 판단하여 조세범칙조사로 전환하는 사례도 있다. 실질적인 조세 포탈 혐의까지 이어질 수 있으므로, 실수라고 보기 어려운 상황이 만들어질 수 있다.

회계 오류 방지를 위한 내부거래 프로세스 설계 방안

이러한 위험을 예방하려면 본점과 지점 간 거래에 대해 일관되고 체계적인 내부회계 관리 체계를 수립해야 한다. 가장 먼저, ERP 시스템 내에서 내부거래 코드 또는 거래유형을 명확하게 구분하여 입력 단계부터 외부거래와 혼동되지 않도록 해야 한다. 단일 회계시스템을 쓰는 경우에도 본점·지점 구분값을 별도로 둬 내부거래는 자동 상계 처리가 가능하도록 시스템 설정을 해야 한다.

또한 회계정책 수립 시 본점에서 지점으로의 자산 이동, 비용 전가, 용역 제공에 대한 처리 기준을 문서화하고, 각 사업장에 일괄 적용할 수 있는 표준 매뉴얼을 배포해야 한다. 해당 문서에는 거래의 정의, 인정 시점, 회계 처리 방법, 세금계산서 발행 여부, 세목별 신고 기준 등이 포함돼야 하며, 연 1회 이상 회계팀과 세무대리인이 합동 점검을 진행하는 것이 이상적이다.

내부거래 데이터에 대해서는 별도의 월간 내부거래 상계 리포트를 작성해야 하며, 이 보고서를 기반으로 거래 데이터가 정확히 상계되었는지 검토하는 절차가 필요하다. 지점별 담당자가 자체적으로 확인하는 수준을 넘어서, 본점의 재무관리팀 또는 외부 회계담당자에 의해 크로스체크되는 구조를 갖추는 것이 바람직하다.

지점 수가 많거나 전국에 분산된 구조일수록 이 체계를 자동화하는 것이 중요한데, 클라우드 ERP 또는 다지점 통합 회계 시스템을 활용하면 거래 기록의 통합과 추적이 용이해진다. 이 과정에서 누락, 오류, 중복 처리 내역을 시스템상에서 실시간으로 모니터링할 수 있도록 설정하는 것이 핵심이다.

 

외부감사 및 세무조사 대비 문서화와 검증 체계 강화

본점·지점 간 거래가 외부감사나 세무조사의 대상이 될 경우, 단순 회계자료로만 오류를 해명하는 데는 한계가 있다. 이럴 때 필요한 것이 바로 ‘사전 문서화된 회계 기준’과 ‘객관적 거래 기록’이다.

실무에서는 본점과 지점 간 거래가 명확히 구분되어 있다는 것을 입증하기 위해 내부거래 명세서를 별도로 관리해야 한다. 이 명세서에는 거래의 목적, 금액, 수량, 적용 단가, 발생 시점, 담당자 서명 등이 포함되어야 하며, 거래 양측 모두의 서명이 포함된 원본 기록이 요구된다.

또한 월별 내부거래 조정 내역을 정리한 조정표, 상계 내역, 회계 처리 방식, 발생한 차이와 그 수정 경위까지 문서화하여 보관하는 것이 중요하다. 세무조사 시에는 특정 거래에 대한 설명보다, ‘사전에 준비된 회계 체계와 절차’가 더욱 큰 신뢰 요소가 되며, 이는 과소신고 가산세, 경정청구 부담 등을 크게 낮춰주는 역할을 한다.

감사대상으로 전환될 가능성이 있는 기업은 내부통제 강화의 일환으로 ‘본점·지점 간 거래 프로세스 점검표’를 정기적으로 운영하고, 이 점검 결과를 리포트 형태로 이사회 또는 투자자에게 공유하는 방식도 고려할 수 있다. 이를 통해 투명경영 체계를 강화하고, 세무 리스크 발생 전 사전차단하는 효과도 누릴 수 있다.